Οι απαρχές της μοναστικής ζωής στο βράχο του Αναπαυσά τοποθετούνται στο 14ο αι. και η επωνυμία της μονής οφείλεται πιθανότατα σε κάποιον παλαιό κτήτορά της. Στη φάση αυτή ανήκει το μικρό παρεκκλήσιο του Αγίου Αντωνίου, στους τοίχους του οποίου διατηρούνται λείψανα τοιχογραφιών. Το μοναστήρι ανακαινίστηκε ριζικά κατά την πρώτη δεκαετία του 16ου αι., όταν ο μητροπολίτης Λαρίσης άγιος Διονύσιος ο Ελεήμων και ο έξαρχος Σταγών ιερομόναχος Νικάνορας , που είναι οι κτήτορες της μονής, ανήγειραν το σημερινό καθολικό, το οποίο αγιογραφήθηκε από τον περίφημο Κρητικό ζωγράφο Θεοφάνη Στρελίτζα, το 1527. Από την πρώτη δεκαετία του 20ου αι. η μονή εγκαταλείφθηκε και άρχισε να ερειπώνεται. Στη δεκαετία του 1960 ανακαινίστηκε και αναστηλώθηκε από την Αρχαιολογική Υπηρεσία.

Η κτιριακή διαμόρφωση και συγκρότηση της μονής- ορθογώνιο ψηλό οικοδόμημα με αλλεπάλληλα πατώματα- προσαρμόστηκε στις δυνατότητες που επέτρεπε η πολύ μικρή έκταση του πλατώματος του βράχου στον οποίο κτίστηκε. Ανεβαίνοντας την κτιστή σκάλα συναντάει κανείς πρώτα το πολύ μικρό παρεκκλήσιο του Αγίου Αντωνίου και την κρύπτη, όπου παλαιότερα φυλάσσονταν οι κώδικες και τα κειμήλια της μονής. Στους τοίχους του παρεκκλησίου διατηρούνται λείψανα τοιχογραφιών του 14ου αι. Στον επόμενο όροφο είναι κτισμένο το καθολικό της μονής, ένας μικρός χώρος, σχεδόν τετράγωνος χώρος του οποίου προηγείται ένας αρκετά ευρύχωρος σε σύγκριση με το ναό εσωνάρθηκας (λιτή). Στον τελευταίο όροφο βρίσκονται η παλαιά τράπεζα της μονής, η οποία ανακαινισμένη σήμερα χρησιμεύει ως επίσημος χώρος της μονής (αρχονταρίκι), το οστεοφυλάκιο και το αναικαινισμένο, από το 1971, παρεκκλήσιο του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου.

Οι τοιχογραφίες που διακοσμούν το μικρό καθολικό της μονής θεωρούνται από τα πιο σημαντικά σύνολα της μεταβυζαντινής ζωγραφικής, καθώς είναι το πιο παλιό γνωστό υπογεγραμμένο έργο του Θεοφάνη. Στην κτητορική επιγραφή πάνω από την είσοδο που οδηγεί από τον νάρθηκα στον κυρίως ναό διασώζεται η υπογραφή του ζωγράφου Θεοφάνη Στρελίτζα τον Κρήτα. Στις κατακόρυφες επιφάνειες του νάρθηκα κυριαρχούν μεγάλες πολυπρόσωπες συνθέσεις. Στο βόρειο τοίχο του νάρθηκα τοποθετείται η επιβλητική παράσταση της Δευτέρας Παρουσίας, ενώ στο δυτικό τοίχο εικονογραφείται η Κοίμηση του Εφραίμ του Σύρου και η σπάνια παράσταση του Αδάμ που δίνει ονόματα στα ζώα. Στους δύο άλλους τοίχους στην κατώτερη ζώνη παριστάνονται ολόσωμοι όσιοι και άγιοι ανάμεσά στους οποίους ξεχωρίζουν οι κτήτορες, ο μητροπολίτης Λαρίσης Διονύσιος και ο έξαρχος Σταγών Νικάνορας δίπλα στην Παναγία και τον Άγιο Αθανάσιο τον Μετεωρίτη. Στην ανώτερη ζώνη απεικονίζονται η Κοίμηση του Αγίου Νικολάου και σκηνές από τα θαύματα του Χριστού.

Στον κυρίως ναό στην κορυφή του τρούλου δεσπόζει ο Παντοκράτορας, χαμηλότερα απεικονίζεται η Θεία Λειτουργία και οι Προφήτες και στα σφαιρικά τρίγωνα εικονίζονται οι τέσσερις Ευαγγελιστές. Στους τοίχους του κυρίως ναού απεικονίζονται στην κατώτερη ζώνη ολόσωμοι άγιοι, λίγο ψηλότερα άγιοι και στην ανώτερη ζώνη σκηνές από τη ζωή, τα πάθη και την Ανάσταση του Χριστού. Λόγω του μεγάλου αριθμού των σκηνών που συνθέτουν το καθολικού, του οποίου οι επιφάνειες για τοιχογράφηση ήταν περιορισμένες, πολλές από αυτές τις σκηνές έχουν το μέγεθος μιας φορητής εικόνας. Ο Θεοφάνης καταφέρνει να εισαγάγει στην διακόσμηση του καθολικού του Αναπαυσά εκτός από την εικονογραφία την εξελιγμένη τεχνική και τεχνοτροπία που χαρακτηρίζει την καλλιτεχνική παραγωγή φορητών εικόνων της Κρητικής σχολής.